Prólogo

El Palazzo Grimani en Venecia

Gennaro y sus amigos están de fiesta en una terraza brillantemente iluminada, en frente de la cual se encuentra el canal de Giudecca. La conversación de los amigos se vuelve hacia Don Alfonso, duque de Ferrara, a cuya casa ellos viajarán al día siguiente, y hacia su esposa, la infame Lucrecia Borgia. Al oír el nombre de Lucrecia, Orsini narra cómo Gennaro y él, a solas en un bosque, fueron advertidos por un hombre misterioso que tuvieran cuidarse de ella y de toda la familia Borgia. Manifestando su aburrimiento con el cuento de Orsini, Gennaro se marcha y se queda dormido cerca. Sus amigos reciben la invitación de unirse a las fiestas, y él se queda a solas.
Aparece una góndola y una mujer enmascarada salta a la terraza. Ella se apresura sobre Gennaro que duerme y lo observa con afecto. (Com'è bello! Quale incanto in quel volto onesto e altero!) Ella besa su mano, él se despierta e instantáneamente queda impresionado por su belleza. Él expresa su amor por ella y canta de su infancia como un huérfano criado por pescadores. Añade que él ama tiernamente a la madre a quien nunca conoció. (Di pescatore ignobile esser figliuol credei.) Los otros regresan e instantáneamente la reconocen como Lucrecia Borgia, enumerando a su vez los miembros de sus familias a las que ella ha matado, para horror de Gennaro.

Acto I 

Ferrara

El duque, creyendo que Gennaro es amante de Lucrecia, trama su asesinato con su sirviente Rustighello (Vieni: la mia vendetta è mediatata e pronta.) Gennaro y sus compañeros dejan la casa por una fiesta y pasan el palacio del duque con su blasón donde se lee "Borgia". Deseando mostrar su desprecio por la familia Borgia, Gennaro quita la inicial "B", dejando la obscena "Orgia" ("orgía").
En el palacio, a Lucrecia se le introduce en la cámara del duque. Habiendo visto la cresta rota, ella exige la muerte para quien lo haya hecho, ignorando que ha sido Gennaro. El duque ordena que lleven a Gennaro ante ella y lo acusa de manchar el nombre noble de Borgia, un crimen al que él rápidamente confiesa. Lucrecia, horrorizada, intenta excusar el insulto de un joven, pero Don Alfonso acusa a Lucrecia de infidelidad, habiendo observado su encuentro con Gennaro en Venecia. En una escena llena de drama y tensión, ella niega cualquier impropiedad, pero él exige la muerte del prisionero y la fuerza a elegir la forma de ejecución de Gennaro. Pretendiendo perdonarlo, el duque ofrece a Gennaro un vaso de vino y lo bebe. Después de un trío asombroso (Guai se ti sfugge un moto, Se ti tradisce un detto!) el duque se marcha y Lucrecia da prisa a Gennaro, dándole un antídoto al veneno que el duque ha mezclado con el vino. El bebe, y en un último dúo, ella le implora que huya de la ciudad y de su marido. (Bevi e fuggi ... te'n prego, o Gennaro!)

Acto II 

El palacio de la princesa Negroni
Ignorando el consejo de Lucrecia, Gennaro acude a una fiesta en el palacio, jurando que nunca se separará de su amigo Orsini.
Orsini lidera la fiesta en un brindis (Il segreto per esser felici) y ellos beben. Entra Lucrecia y anuncia que en venganza por sus insultos en Venecia ella ha envenenado su vino y preparó cinco cajas para sus cuerpos. Ella ha creído por lo tanto que Gennaro huyó a Ferrara por consejo de ella, y así se desmaya cuando él se adelanta y anuncia que ella ha envenenado a un sexto. Orsini, Liverotto, Vitellozzo, Petrucci y Gazella caen muertos. Gennaro coge una daga e intenta matar a Lucrecia, pero ella lo detiene revelando que él es de hecho su hijo.
De nuevo, ella le pide a él que beba el antídoto, pero esta vez él lo rechaza, eligiendo morir con sus amigos. En la cabaleta final (Era desso il figlio mio,) Lucrecia se lamenta por su hijo y expira.