Acto primero

Perseguido por una serpiente Tamino cae desvanecido. A su pedido de auxilio aparecen tres damas del séquito de la Reina de la Noche y matan al terrible reptil. Prendadas de la belleza del joven las damas salen para anunciar su presencia a la soberana.
Al volver en sí Tamino advierte con sorpresa la llegada de Papageno, un cazador de pájaros, alegre y locuaz, que le revela poco después que se encuentran en los en los dominios de la Reina de la Noche. Tamino le señala la serpiente y Papageno, temeroso, miente diciendo que él mismo le dio muerte con sus manos. Vuelven las tres damas trayendo tres obsequios para Papageno: agua en lugar de vino; una piedra en lugar de torta, y en castigo por su mentira, un candado de oro para su boca. A Tamino le entregan el retrato de Pamina, hija de la soberana, que ha sido raptada por orden de Sarastro. Tamino queda hechizado por la belleza de la joven y promete salvarla.
Aparece la Reina de la Noche, quien ofrece a Tamino la mano de su hija si éste logra liberarla. Las damas quitan el candado a Papageno y entregan a Tamino que flauta de mágicos poderes para que aleje con ella los peligros. Papageno deberá acompañarle y por ello le obsequian un juego de campanillas de plata, también protectoras, agregando además que tres genios les señalarán el camino que conduce al palacio de Sarastro.
Pamina se halla prisionera en el palacio de Sarastro, sacerdote iniciado en el culto de Isis y Osiris, quien en oposición al mundo terrorífico de la Reina de la Noche aparece como arquetipo de bondad y nobleza. El motivo de su acción ha sido el de apartar a la niña de la siniestra influencia de su madre. Monostatos, jefe de los esclavos moros, puesto al servicio de Pamina, la persigue con sus requerimientos amorosos. Sorprendido por Papageno, Monostatos huye despavorido. Papageno, quien también se ha asustado al tropezar con aquel, reconoce a Pamina y le anuncia su próxima liberación por parte de Tamino. Juntos salen poco después en busca del joven.
Los tres genios conducen a Tamino al encuentro de Sarastro. El joven advierte con sorpresa la paz y serenidad que reinan en ese lugar. Del templo de la Sabiduría sale el orador, explicándole que Sarastro no es el espíritu malvado que le han descripto, agregando además que existen aún misterios que escapan a su comprensión. Al quedar solo Tamino pregunta cuándo se disiparán las tinieblas. Voces internas le responden que muy pronto, asegurándole que Pamina vive. Ilusionado Tamino toma la flauta e inicia una bella melodía. Poco después Papageno le contesta desde lejos con su caramillo.
Tamino sale a su encuentro pero no lo halla. Pamina y Papageno, quienes a su vez le buscan tropieza con Monostatos que ha salido en su persecución. Las campanillas del pajarero salvan la situación y a su mágico tintineo el guardián y sus secuaces se ven obligados a bailar irresistiblemente.
Llega Sarastro a cuyos pies se arroja Pamina confesando los motivos que la impulsaron a huir. Monostatos trae ahora a Tamino para quien reclama un castigo. Tamino y Pamina se encuentran por primera vez, expresándose mutuamente tierno afecto. Monostatos intenta separarlos pero es detenido por orden de Sarastro quien dispone que Tamino y Papageno sean conducidos si lugar de las pruebas, mientras él sale llevándose a Pamina.

Acto segundo

Sarastro expone a los sacerdotes los razones de su proceder. Los dioses han destinado a Pamina para esposa de Tamino, pero la madre de aquélla, que ha hechizado al pueblo, quiere destruir los templos de los consagrados. Por ello se trata de ganar la voluntad de Tamino, en quien el sacerdote reconoce a un alma noble y también la de Pamina, que él ha secuestrado con el mismo fin. Pero antes de que se considere al primero como digno de ser recibido por la comunidad habrá que someterlo a un examen. Para ello imparte las órdenes al orador, quien quedará encargado de que estas se cumplan fielmente.
Sarastro implora a los dioses para que el espíritu de sabiduría penetre en el alma de los jóvenes y les de fuerzas necesarias para sobrellevar las pruebas.
La primera prueba es una orden de silencio. Papageno es obligado a permanecer callado, lo cual puede lograrse a duras penas. Aparecen las tres damas de la Reina de la Noche y para atemorizarlos les vaticinan la muerte por manos de los sacerdotes. Pero Tamino las escucha sin pronunciar una sola sílaba y consigue también que su locuaz compañero permanezca silencioso. El orador satisfecho por el resultado de la primera prueba alienta a Tamino a proseguir las demás experiencias. Temeroso de exponerse a nuevas dificultades Papageno sale decidido a abonar sus propósitos de procurarse una bella esposa.
El enamorado Monostatos se acerca Pamina dormida, e intenta besarla. Aparece la Reina de la Noche para impedirlo y descubre luego a su hija los motivos de su odio hacia Sarastro. Si Pamina no dirige contra el sacerdote el puñal que le fuera entregado, su madre la repudiará. Monostatos, que ha escuchado las palabras de la Reina, amenaza luego a Pamina con la muerte por haber rechazado su amor. Interviene Sarastro, que le aparta y hace una ferviente invocación a la concordia: en ese sagrado recinto no deben hacerse presentes ni el odio ni la venganza.
Las pruebas siguen su curso. el orador advierte que aun deben respetarse las órdenes impuestas. Papageno, siempre inquieto y desobediente, trata de hablar a cada momento, pero Tamino le impone silencio.
De repente, al expresar sus deseos de beber, se presenta una anciana que le ofrece agua para calmar la sed. Papageno quiebra una vez más la consigna y habla. La anciana le dice que está enamorada de él y lo acaricia tiernamente. De repente estalla un trueno y la misteriosa mujer desaparece. Los tres genios se presentan ahora para devolver la flauta a Tamino y la campanillas a Papageno, ofreciéndoles además suculenta comida, que el segundo saborea con deleite.
Ambos se someten nuevamente a la consigna de silencio de la cual ni siquiera el ruego de Pamina logra apartarlos. Al no obtener respuesta Pamina se lamenta considerando que su amado ha dejado de quererla. Toques solemnes llaman a nueva pruebas. Tamino se encamina seguido por Papageno, quien se resiste a abandonar los suculentos platos.
Los sacerdotes invocan a los dioses en señal de agradecimiento. Sarastro alaba la constancia de Tamino y le permite una entrevista con Pamina antes de que comiencen las últimas y más peligrosas pruebas. Papageno sólo desea ahora un buen vaso de vino y una linda mujercita. Sus campanillas atraen una vez más a la mujer vieja. Ahora se le presenta un alternativa: o se casa con ella o se queda allí prisionero para siempre. Y él, hombre práctico, decide entonces jurarle fidelidad. Inmediatamente la vieja se transforma en la juvenil y radiante Papagena, una bellísima mujer-pájaro, pero Papageno debe esperar aún para estrecharla entre sus brazos, ya que la repentina intervención del sacerdote se lo impide.
Pamina, dudando del amor de Tamino y dominada por el dolor y la incertidumbre, quiere darse muerte con el puñal que le entregara su madre. Los tres genios la disuaden de su propósito asegurándole la fidelidad del amado, quien aún deberá exponerse a nuevas pruebas. Pamina ruega entonces a los genios que la llevan al encuentro de Tamino.
Tamino se encuentra ahora frente a las puertas que conducen a las peligrosas pruebas del fuego y del agua. Dos hombres en arnés vigilan esas entradas. Ante los fervorosos ruegos de Pamina se concede a la joven la autorización para acompañar a Tamino en los difíciles momentos que le aguardan. Los enamorados se reúnen decididos y seguros, confiando que el sonido de la flauta mágica los acompañará en sus anhelos. Pamina y Tamino atraviesan las llamas y luego intentan la prueba del agua, que superan victoriosamente. Entre la aclamación de los sacerdotes, los jóvenes consagrados se dirigen al templo.
Papageno, también desesperado por la nostalgia de Papagena, a quien viera tan fugazmente, intenta suicidarse pero los genios acuden en su ayuda aconsejándole que haga sonar sus mágicas campanillas. Atraída por el suave tintineo se presenta Papagena y ambos se entregan a una alegre danza.
Conducidos por Monostatos entran la Reina de Noche y sus damas. La soberana reitera a Monostatos la promesa de entregarle a Pamina como esposa si la ayuda aniquilar a Sarastro, quien enterado de los siniestros planes de la Reina, la hace desaparecer junto con sus secuaces.
En el templo del Sol Sarastro recibe a los nuevos consagrados: Pamina y Tamino, quienes han ganado la corona de la belleza la sabiduría.