Primer acto

Escena 1: Baja el telón y nos muestra un estudio, viejo y húmedo, donde el anciano doctor Fausto se sienta, frustrado entre sus libros. Toda su vida ha sido una de continua búsqueda de sabiduría, pero se siente tan ignorante como al principio. En un estado de desesperación, lo único que ansía es la muerte. Fausto se encuentra a punto de tomar un frasco de veneno, pero se lo impide un coro de mujeres jóvenes, que, en la lejanía, entonan un canto al amor y a la primavera.
Las sencillas canciones cerca de la ventana de Fausto le hacen pensar en Dios, pero el filósofo cavila que Dios nunca le devolverá su juventud. Maldiciendo sueños, felicidad y fe, Fausto conjura a Satanás.
Al instante, el diablo Mefistófeles se le aparece, vestido como hombre de mucho mundo. Fausto vacila en hablar con él, hasta que Mefistófeles le ofrece una demostración del poder de Satanás prometiendo concederle lo que desee. Fausto quiere que se le conceda ser joven otra vez. Mefistófeles hace un trato con Fausto: en el mundo, Mefistófeles será el siervo de Fausto, pero una vez muerto, le tocará a Fausto servir al demonio en el infierno.
Mefistófeles le presenta un contrato a Fausto y cuando éste vacila en firmarlo, Mefistófeles le muestra una visión de Margarita, hilando. Cautivado por la hermosura de Margarita, Fausto firma el contrato. Mefistófeles, le da a beber una extraña pócima con la que Fausto se transforma inmediatamente en un joven y elegante barón. Ambos se marchan en busca de Margarita

Escena 2: Una concurrida feria en el pueblo. Unos estudiantes se embriagan, entrando y saliendo de la cantina, mientras soldados, mendigos, jóvenes damas y matronas se amontonan al pasar. Llega Valentín, un joven soldado, sosteniendo en las manos una medalla que su hermana Margarita le ha dado para que lo proteja en batalla. Entre los estudiantes en la cantina, Valentín encuentra a sus amigos Wagner y Síebel y deciden brindar una última copa por la partida de Valentín. A Valentín le preocupa dejar a su hermana sola. Síebel, el eterno enamorado de Margarita, promete cuidarla. Valentín le pide a Dios que proteja a su hermana
Wagner, decidido a animar el ambiente, se sube a una mesa y comienza a entonar una alegre canción sobre una rata vieja, [un traidor] pero lo interrumpe Mefistófeles, que de repente se aparece entre los estudiantes y se pone a cantar ante la multitud una canción sobre el becerro de oro [símbolo del dinero].
En seguida, Mefistófeles les predice el futuro a los estudiantes, predice que Wagner morirá en batalla, que Síebel marchitará toda flor que toque y que Valentín será víctima de un disparo. Luego, de un golpe al cartel de la cantina, Satanás hace que fluya vino de éste y les pide a los incrédulos estudiantes que brinden por Margarita. A Valentín le molesta que el misterioso forastero mencione el nombre de su hermana, lo reta y trata de atacar a Mefistófeles, pero su espada se parte en dos. Los estudiantes huyen haciendo la señal de la cruz
Fausto se presenta de nuevo, exigiéndole a Mefistófeles que le muestre a Margarita. En ese preciso instante, llega un grupo de estudiantes y mujeres jóvenes y empiezan a bailar un vals. Tanto Fausto como Síebel, desde su lugar, buscan a Margarita entre la multitud. Cuando la muchacha aparece, Mefistófeles distrae a Síebel y hace que se desvíe. En otro lado, Fausto le ofrece el brazo a Margarita, pero ella, muy modestamente, lo rechaza

Segundo acto: En el jardín de Margarita, al ponerse el sol. Síebel se detiene cerca de un rosal, pensando en el amor que siente por Margarita. Corta una rosa con la intención de llevársela, pero la flor se marchita al instante. Desconcertado al ver que se cumple la predicción de Mefistófeles, Síebel mete la mano en una pila bautismal de agua bendita en la que Margarita reza todas las noches. El agua bendita surte el efecto deseado, la predicción no se cumple más.
Fausto y Mefistófeles entran a hurtadillas y presencian cuando Síebel deja un ramo de flores para Margarita. Mefistófeles levanta vuelo por un momento, dejando a Fausto reflexionando en el amor que se intensifica en su corazón. El diablo regresa con un estuche de finas joyas que coloca cerca de las flores para que Margarita lo encuentre. Fausto y Mefistófeles observan mientras la joven encuentra, primero las flores y después el finísimo estuche de joyas. Margarita, impresionada con las joyas, se las prueba.
Martha, la dama de compañía de Margarita entra, pero Mefistófeles se la lleva a otro lugar. Mefistófeles le informa que su esposo ausente ha muerto y luego trata de seducirla. Mientras tanto, Fausto se acerca a Margarita y, a pesar de la timidez de ella, comienzan a charlar y se enamoran. Después, temiéndose incapaz de sostenerse en su pureza, Margarita despide a Fausto.
Fausto está a punto de partir, pero lo detiene Mefistófeles, que le aconseja que escuche mientras Margarita reza, implorando su regreso. Rebosante de pasión, Fausto regresa al lado de Margarita y Mefistófeles se escabulle riéndose entre dientes
Poco tiempo después. Margarita se encuentra embarazada de Fausto, pero él la ha abandonado. Sentada sola en su cuarto, Margarita escucha las burlas que de ella hacen algunas jóvenes y se pone a llorar. Síebel llega sigilosamente ante Margarita y le propone que él puede vengar sus humillaciones y matar a Fausto. Ella protesta que aún ama a Fausto. Síebel le jura amor eterno
Tercer acto: Margarita va a la iglesia a implorar por su criatura, pero se espanta al escuchar las voces de Mefistófeles y de otros espíritus. Aunque Mefistófeles le advierte a Margarita que Dios nunca le perdonará, ella persevera en la oración
En la calle afuera de la iglesia, Valentín ha regresado con su escuadra de soldados. Síebel es el primero a quien ve y le pide razón de Margarita. Síebel, avergonzado, no sabe cómo contarle a Valentín de la deshonra de su hermana. Turbado y sospechoso, Valentín entra a su casa.
Fausto y Mefistófeles acaban de regresar al pueblo y se detienen afuera de la casa de Margarita. Fausto quiere ver a la joven, pero tiene miedo de entrar; Mefistófeles, aunque fastidiado, ofrece ayudarle a recuperar a Margarita. El diablo le lleva serenata a Margarita, imitando una balada.
Al escuchar la canción, Valentín sale furioso, retando a Fausto y a Mefistófeles a duelo. Fausto saca su espada y con la ayuda de Mefistófeles, mata a Valentín. Ambos se dan a la fuga antes de que Martha, Margarita y algunos del pueblo encuentren a Valentín, moribundo y maldiciendo a su hermana por su depravación
Una prisión. Margarita está encarcelada y se encuentra dormida cuando Fausto y Mefistófeles llegan a su celda. Mefistófeles ofrece poner a la joven en libertad, pero Fausto, torturado por el remordimiento, sólo desea estar a solas con ella.
La voz de Fausto despierta a Margarita y ésta se queda extasiada de ver a Fausto de nuevo. Afuera, amanece el día de Pascua. Mefistófeles y Fausto le ruegan a Margarita que salga, pero ella opta por arrodillarse y pedir a Dios misericordia. Observa detenidamente a Fausto y a Mefistófeles y reconoce en ellos al demonio. Un coro de ángeles declara que Cristo ha resucitado, se abren las paredes de la prisión y el alma de Margarita asciende a los cielos mientras Fausto, desesperado, contempla el ascenso