PRÓLOGO.- Ante el monasterio de Novodevichy, en Moscú, la multitud, obedeciendo las órdenes de los soldados, se lamenta amargamente. Dentro del monasterio se encuentra Boris Godunov, quien como acaba de declarar Schelkalov, secretario del Consejo de Estado, no quiere aceptar el trono, a pesar de los deseos de los nobles y del clero. Llega un grupo de peregrinos y entra en el monasterio. Los soldados ordenan a los congregados que se presenten ante el Kremlin al día siguiente. 

Al siguiente día el pueblo está congregado en la explanada del Kremlin. Shuisky vitorea a Boris, que al final ha aceptado su nombramiento, y que ahora se presenta ante la multitud con los atributos de zar. Se dirige al pueblo y sus palabras revelan la turbación de su espíritu. El pueblo le aclama.

ACTO I.- En un monasterio en Chudov, durante la noche un anciano monje, Pimen, escribe una crónica de Rusia. Grigori Otrepiev, un joven monje que duerme en la celda, se despierta. Pide a Pimen su bendición y el anciano se la otorga, en tanto que se escucha como fondo el cántico de los monjes. Ahora Otrepiev relata al anciano monje un sueño que ha tenido y que le atormenta: una multitud en Moscú le señalaba con gesto desdeñoso. Pimen a su vez le dice cómo él mismo vio, hace dos años, el cuerpo del joven príncipe Dimitri, hijo del último zar, y que había sido asesinado por orden del usurpador Boris Godunov. Grigori queda profundamente impresionado (exclama: ¡Boris! ¡Boris!) y Pimen señala que si Dimitri viviera tendría la misma edad que Grigori.

En una posada junto al camino, la posadera está cantando mientras trabaja. Llegan ahora dos monjes vagabundos, Missail y Varlaam, seguidos de Grigori, vestido ahora con ropas de campesino. Los monjes beben; Varlaam entona una chispeante canción (Una vez en la ciudad de Kazán) que trata de las hazañas militares del zar Iván. Grigori se mantiene retraído; tiene el propósito de hacerse pasar por el príncipe Dimitri y reclamar su derecho al trono de Rusia, para lo cual quiere ahora atravesar la cercana frontera con Lituania, que en aquel tiempo formaba parte del reino de Polonia.

Llaman a la puerta y entran unos guardias de la frontera, anunciando que llevan la orden de arresto para un tal Grishka (abreviatura de Grigori) Otropiev. Los guardias, analfabetos, dan a leer el escrito a Grigori, que falseando lo escrito, hace una descripción de la persona buscada que corresponde a uno de los dos monjes: Varlaam. Finalmente Varlaam lee correcta mente lo que hay escrito en la orden, pero entre tanto, Grigori ha logrado escapar de allí.

ACTO II.- En un salón del Kremlin, Xenia, la hija de Boris, se lamenta de la muerte de su prometido. Su hermano, Fiodor un niño, está entusiasmado con un reloj mecánico. La vieja nodriza trata de consolar a Xenia, cantándole una canción festiva sobre un mosquito. Después de otra canción, entonada por el aya y Fiodor, entra Boris. Se marchan Xenia y la nodriza. Fiodor, ante una esfera, muestra orgullosamente a su padre sus extensos dominios. Mientras Fiodor habla, Boris canta la infelicidad que le atormenta y la desgracia que presiente y cómo le hostiga el recuerdo del asesinado Dimitri (Tengo el supremo poder).

Se escucha ruido fuera. Entra un boyardo con noticias acerca de unos disturbios originados por Shuisky. Vuelve a entrar Fiodor y dice a su padre que el ruido lo había causado una cotorra mal educada.

Entra Shuisky y Boris le acusa de conspirador. Pero Shuisky le dice, a su vez, que ha aparecido en Lituania un pretendiente que se hace llamar Dimitri. El nombre conmociona a Boris, que pide a Shuisky confirmación de que el príncipe Dimitri murió realmente. Solo en la estancia, presa de agitación, Boris imagina que las figuras mecánicas del reloj, que ahora empieza a sonar, son una visión del joven asesinado.

ACTO III.- En el castillo de Sandomir, en Polonia, la princesa Marina, está siendo vestida por sus damas. Pero ella no presta atención alguna a las ligeras canciones que cantan sus acompañantes para distraerla, su pensamiento está puesto en la gloria de Polonia y espera que Dimitri, de quien se ha enamorado, la convierta en zarina de Rusia. Su confesor, el jesuita Rangoni, le dice que con el triunfo de Dimitri ella debe llevar la religión católica romana a Rusia. Marina no se muestra muy dispuesta al principio, pero después accede.
En el jardín del castillo, a la luz de la luna, el enamorado Grigori o Dimitri espera a Marina. Aparece Rangoni, dirigiéndose a él como al zarevitch y pidiéndole que lo acepte como su guía espiritual. Se escucha una polonesa; Marina, acompañada de sus huéspedes, pasea con un noble anciano; los reunidos cantan el próximo triunfo de Polonia sobre los rusos.

Entra de nuevo Marina. Obediente a los consejos de Rangoni, rechaza desdeñosa las palabras de amor de Dimitri y le dice que su deber es llegar a ser zar de Rusia. Después de una breve discusión, se reconcilian. mientras que Rangoni, que desde un lugar oculto, ve lo sucedido, se regocija.

ACTO IV.- El Consejero de Estado boyardo está reunido en el Kremlin. El secretario del Consejo, Schelkalov, anuncia la petición de ayuda de Boris para hacer frente al pretendiente, el supuesto Dimitri. El Consejo la otorga. Shuisky, que es sospechoso de rebelión, entra, y al darse cuenta de que Boris, observado secretamente, está temblando, declara que ha visto al fantasma del asesinado Dimitri, y grita: Fuera niño.

Boris, enfermo, se levanta tambaleante y dice unas pocas palabras. Después se sienta. Shuisky, después de haber pedido permiso, entra acompañando a un monje que ha solicitado audiencia. Se trata de Pimen, que dice que, habiéndose quedado ciego, visitó la tumba del zarevitch asesinado, Dimitri, y quedó milagrosamente curado.

Boris se hunde. Sabiendo que su muerte está cercana, manda llamar a su hijo y despide a los boyardos. Suenan las campanas. Boris dice a Fiodor que desconfíe de los boyardos y que defienda al pueblo y a la Iglesia rusa. Se escuchan voces a lo lejos, entran de nuevo los boyardos y Boris muere.

En un claro del bosque cerca de Kromy, la turba apalea a Kruschov, un boyardo seguidor de la causa de Boris. Entra un Idiota y entona un cántico religioso. Unos pilluelos se ríen de él y golpean la vieja cazuela que el Idiota lleva a guisa de sombrero. Missail y Varlaam, los monjes vagabundos, entran en escena y se ponen al frente de la turba alabando a Dimitri. A la alabanza se unen dos jesuitas, Lavitzky y Chernikovsky, quienes cantan en latín, pero el grupo se vuelve contra ellos y se los llevan al interior del bosque para ahorcarlos.

Anunciado por una trompeta, entra Dimitri a caballo. La multitud le aclama. Dimitri, entonces, grita: ¡A Moscú! Entre bastidores se escucha la oración de los jesuitas. Todos siguen a Dimitri, dejando solo en el escenario al Idiota que canta a la infeliz Rusia.