Acto I
El claro de un bosque junto a una taberna en Bohemia, siglo XVII. El disparo de Kilian ha acertado sobre una estrella metálica, y los campesinos, tumultuosos, lo traen al claro para celebrar con honores su victoria como tirador. Allí se encuentra Max, frente al que Kilian se detiene para entonar una irónica canción sobre su triunfo, entre las risas generales. Max está a punto de perder los nervios, cuando llega el guardabosques Kuno y establece la calma. En efecto, Max, el mejor tirador del lugar, lleva varias semanas muy errático, y ello constituye un gran problema para el muchacho, ya que al día siguiente se celebra el concurso de tiro a cuyo vencedor se le promete la mano de la hija del guardabosques, Agathe, de quien Max está enamorado. Kaspar, que también fue pretendiente de Agathe, insinúa que Max puede haber sido embrujado, y que sólo una mayor hechicería ante el Cazador Negro podría restablecerle su antigua habilidad, pero Kuno lo manda callar. El guardabosques explica la historia del torneo: un antepasado suyo, también llamado Kuno y cuyo retrato guarda en su casa, fue nombrado guardabosques mayor, con cargo hereditario, al matar a un ciervo a quien iba atado un malhechor sin herir a este, siguiendo los deseos del príncipe. Pero otros protestaron la prueba, diciendo que Kuno había vencido por el empleo de una Freikugel (literalmente, bala libre). Kilian ha oído hablar de ellas: son objetos del Mal. Las seis primeras hacen blanco allí donde el cazador desea, pero la séptima queda a voluntad del Maligno, e impacta donde él quiere. Por esa razón, dice Kuno, el Príncipe estableció que el guardabosques tenía que ganar previamente un concurso de tiro.
Max expresa su desánimo, y todos le consuelan. Después, bailan un vals bohemio, y la gente comienza a dispersarse. Max se queda solo, y añora los felices momentos de su éxito como cazador y la forma en que Agathe le admiraba, pero ahora se ve abandonado por el cielo y en manos del destino. Mientras expresa su abatimiento, Samiel (el Cazador Negro, encarnación del mal) le observa desde la lejanía, pero desaparece entre convulsiones cuando Max dice la palabra "Dios".
Kaspar regresa e invita a Max a un vaso de vino, mientras entre dientes invoca a Samiel. Kaspar canta un desvergonzado brindis pero no logra que Max se le una. Finalmente, le ofrece su ayuda para vencer definitivamente en el torneo del día siguiente. Kaspar deja su escopeta a Max y le pide que dé un tiro al aire. Max lo hace, y una lejanísima águila cae a sus pies. Impactado por el acierto de la bala, Max inquiere a Kaspar sobre su naturaleza y la forma de conseguirlas. Kaspar le dice que es una Freikugel, una bala embrujada, y que esa misma noche puede forjar más, pero Max debe estar presente a medianoche en la Garganta del Lobo. Max no quiere ir, por tratarse de un lugar maldito, pero el deseo de obtener a Agathe acaba siendo más fuerte, y accede. Kaspar le pide silencio, y Max se marcha. Solo, Kaspar expresa con ferocidad el éxito de su malvado plan y el triunfo de la venganza.

Acto II
Cuadro primero
Salón en casa del guardabosques. Agathe se retira una venda de la cabeza mientras su prima Ännchen, subida a una escalera, vuelve a colgar en su sitio el cuadro del primer Kuno, que se había caído. La hija del guardabosques señala lo diferentes que son los corazones de ambas muchachas, dado que Ännchen ríe y bromea con todo mientras Agathe alberga ciertas angustias. Ännchen la anima con una canción sobre los coqueteos entre los mancebos y las doncellas. Agathe le relata que ha visto al Eremita esa tarde, quien le ha regalado un ramo de rosas blancas y la ha advertido de un gran peligro. La caída del cuadro hiriéndola en la cabeza parece confirmar los presagios del Eremita. Ännchen va a acostarse y Agathe se queda a esperar a Max, dirigiendo su canto a las estrellas y al Señor, hasta que ve al cazador en la lejanía, lo que la llena de júbilo.
Aparece Max, acompañado por Ännchen, pletórico por su nuevo éxito en la caza con el águila real. Agathe le expresa su preocupación por las advertencias del Eremita y su accidente con el cuadro, que ha ocurrido al mismo tiempo que el disparo al águila. Por eso, se horroriza cuando Max le anuncia que ha de volver a salir hacia la Garganta del Lobo, lugar embrujado al que se atribuye ser de dominio del Cazador Negro y del que los temerosos de Dios huyen. Le ruega que no lo haga, pero es en vano. Los tres se despiden preocupados, y Max parte.
Cuadro segundo
La Garganta del Lobo, un desfiladero en el bosque. De un monte contiguo desciende una cascada. Noche cerrada. Espíritus invisibles vaticinan, entre maldiciones, la muerte de la novia antes de que vuelva a ser de noche. Kaspar está preparando la fundición de las nuevas Freikugel en un círculo de piedras en medio de la cual se halla una calavera. Clavando en ella su cuchillo, invoca a Samiel, que aparece entre las rocas. Como consecuencia de su pacto anterior, Kaspar obtuvo balas embrujadas a precio de que, tres años después, su alma perteneciera a Samiel. El plazo se cumple al día siguiente, y por ello Kaspar le pide una prórroga a Samiel a cambio del alma de Max, que se encamina hacia allí a hacer el mismo conjuro. Si Max mata a Agathe al día siguiente, quedará a merced del Maligno, pues aunque éste no tiene poder sobre ella, él le puede servir. “Mañana, él o tú” dice Samiel mientras desaparece.
La calavera se ha convertido en una hoguera cuyo fuego trata de mantener Kaspar. Aparece Max en lo alto, asustado por el horror del lugar. Cuando va a reunirse con Kaspar, se le aparece el espíritu de su madre, que le indica que no debe bajar. Max se horroriza, pero Kaspar invoca a Samiel y la figura se convierte en la de Agathe, que, enloquecida, parece ir a tirarse por la cascada. Max desciende rápidamente. La figura desaparece. Kaspar dice a Max que, aunque vean u oigan cualquier cosa, no debe asustarse. Deposita en el crisol los ingredientes para la brujería (plomo, balas usadas, cristal de vidriera, ojos de animales) y pronuncia el conjuro para forjar las balas, en que invoca repetidamente a Samiel. Después, va sacando la masa al molde mientras enumera las balas que va forjando. A cada una se desencadena una fuerza del mal (ladridos, tormentas, espíritus), hasta que, exhausto y entre espasmos, invoca a Samiel gritando “¡Siete! ¡Siete!”. Max invoca también a Samiel, que se aparece encarnado en el Cazador Negro y sujeta de la mano a Max. Este se hace la señal de la cruz y cae desmayado. Kaspar también yace en el suelo. La brujería ha terminado.

Acto III
Cuadro primero
Es el día del torneo. Algunos cazadores comentan la impresionante tormenta de la noche anterior. Max y Kaspar vuelven a encontrarse. A cada uno les queda sólo una de las siete balas mágicas, por lo que Max pide la suya a Kaspar, pero éste le dice que él sólo se llevó tres, mientras Max cogió cuatro, de forma que no se la dará. Ambos son llamados al torneo, y Kaspar emplea cuanto antes su bala para que el tiro crucial de Max en el torneo se haga con la séptima bala, la del infierno.
Cuadro segundo
Agathe, vestida de novia, está rezando en un pequeño altar de su dormitorio, y expresa su confianza en la protección del Señor. Entra Ännchen, impresionada por la tormenta de la noche anterior, y Agathe le recuerda que durante la misma Max se hallaba en el bosque. Después cuenta a su prima que esa noche ha soñado que era una paloma blanca sobre la que Max disparaba, pero tras caer, volvía a convertirse en Agathe mientras un ave de rapiña yacía muerta. Ännchen trata de animarla contándole la historieta de otra pariente suya a la que una vez se le apareció un espíritu mientras dormía, que resultó ser Nero, su perro. Después sale a recoger la corona de flores mientras llegan las damas de honor, que honran y agasajan a la novia. Ännchen, a su regreso, dice que el retrato de Kuno se ha vuelto a caer, lo que atemoriza más a la novia. Cuando abre la caja de su corona, resulta ser una corona de difunto. Asustada, Agathe pide a sus damas de honor que le hagan la corona con las rosas blancas que le regaló el ermitaño.
Cuadro tercero
Campo en que se celebra el torneo de tiro. A un lado, una mesa donde el príncipe Ottokar y sus invitados celebran un banquete. Los cazadores cantan las glorias de su oficio. Ottokar anima a Max a dar el tiro definitivo del torneo a una paloma mientras Kaspar le observa subido a un árbol. Max dice que será su último tiro, y cuando va a disparar irrumpe Agathe diciéndole que no tire, pues ella es la paloma. Max dispara. La paloma huye. Agathe y Kaspar caen al suelo.
Entre el estupor general, Max se arrodilla ante el cuerpo de Agathe, que se recupera poco a poco, mientras Kaspar yace ensangrentado. Moribundo, Kaspar entreve a Samiel y, en su última hora, maldice tanto al Maligno como al Cielo. Al instante, muere condenado. Algunos cazadores se llevan su cuerpo para arrojarlo a la Garganta del Lobo. Ottokar obliga a Max a explicar lo ocurrido, y el cazador confiesa que ha participado en el torneo empleando balas malditas forjadas en cooperación con el muerto. Pese a los ruegos de Kuno y Agathe, Ottokar condena a Max al exilio.
En ese momento aparece el Eremita, que se pregunta si un momento de debilidad merece un castigo permanente. Ottokar lo identifica como el hombre santo de la región, y le pide que dictamine sobre el suceso. El Eremita afirma que es injusto encomendar la felicidad de las personas a la trayectoria de una bala, por lo que el concurso de tiro no debe celebrarse más, y que el que yerra por desesperación no debe ser condenado por sus semejantes, que también son pecadores. Por eso, pide a Ottokar que mantenga a Max en la región por un año de prueba, al término del cual, si permanece fiel a la virtud, podrá obtener a Agathe. Ottokar le responde que su palabra le basta, pues Uno más alto habla por él. Todos terminan alabando la bondad del Altísimo, defensor de los inocentes.