Primer acto
Escapando de la justicia, Leokadja Begbick, Moses, y Fatty quedan varados en una zona desértica, cerca de unos ríos de los que, dicen, puede extraerse oro. Leokadja, líder del grupo, funda una ciudad para aprovechar esa presunta riqueza. Mahagonny será el paraíso del placer y el ocio. Crean la taberna “Aquí todo está permitido”. Llegan a trabajar Jenny, las muchachas y miserables de todas partes. Desde Alaska, el leñador Jimmy Mahoney y sus amigos Bill, Jack y Joe se embarcan hacia allí.
Leokadja los recibe amablemente, dispone bajar el precio del whisky y ofrecerles servicios sexuales, entre los cuales Jimmy elige los de Jenny.
La miseria amenaza a Mahagonny: las redes no atrapan el oro. Un huracán amenaza el lugar. Leokadja pone carteles con prohibiciones.
Jimmy entiende que las reglas limitan la felicidad. Con su dinero compra a Leokadja el derecho de hacer lo que le plazca e imponer sus propias leyes. El huracán esquiva a Mahagonny. El hecho es entendido como una salvación milagrosa que anuncia una nueva era.
Segundo acto
Para Jimmy “todo está permitido”. Comer, hacer el amor, boxear, beber sin medida. Jack muere comiendo, sin saciarse. Los hombres esperan en fila su turno para tener sexo. Joe, “el lobo de Alaska”, desafía a pelear a Moses, y pide a sus amigos que apuesten por él. Jim accede y pierde todo su dinero, ya que Moses lo mata. Dolido, Jimmy invita a los hombres de Mahagonny a beber. Junto a su amada Jenny y a su amigo Bill imaginan un viaje a Alaska pero la voz de Moses, que reclama el pago de la bebida, los trae a la realidad. Sin dinero, Jimmy es arrestado. Moses cobra entradas por el espectáculo de la justicia en Mahagonny. Se juzgan la causa de Tobby Higgins, por asesinato, y la de Jimmy, acusado de corromper a Jenny, instigar al asesinato de Joe y no pagar sus deudas.
Tobby compra la sentencia con dinero y es absuelto; Jimmy es condenado a muerte por su deuda. El peor delito es no tener dinero. Un Dios imaginario desciende, maldice a sus habitantes y los condena al infierno.
Jimmy entiende que la libertad que compró con dinero no es tal y es ejecutado. Pese a los tumultos, parece abrirse un nuevo orden.