El argumento se basa en una fábula popular de Moravia. Rusalka, la ondina de los lagos, le pide a una bruja que la transforme en mujer para entregarse al amor de un joven príncipe. El poder de la bruja es relativo y la ninfa se convierte en una princesa muda. Se trata de una obra de fantasía, en la cual el elemento dramático apenas existe, centrando la acción en su contenido poético y simbólico.

Acto I

Un prado al borde de un lago

Tres ninfas acuáticas bailan felices hasta la llegada de su padre, un espíritu de las aguas que se pone a jugar con ellas. En ese momento, Rusalka, la cuarta hermana, se despierta y confía a su padre que se ha enamorado de un Príncipe humano joven que suele cazar alrededor del lago, y ella desea convertirse en humana para poder abrazarlo. El padre, tras advertirle que si hace eso perderá la inmortalidad y viendo que está decidida, le dice que vaya a hablar con la bruja Jezibaba. Rusalka canta su Canción de la Luna, pidiéndole que le cuente al Príncipe su amor. Jezibaba le dice a Rusalka que si se convierte en humana y es traicionada por el príncipe, tanto ella como el príncipe serán malditos por toda la eternidad, y que Rusalka perderá su voz cuando sea humana. Rusalka, que sólo piensa en el amor, acepta y Jezibaba le da un bebedizo. Llega el príncipe, cazando una cierva blanca, y le pregunta si es ninfa o humana. Rusalka lo abraza y se la lleva al palacio. Su padre y hermanas se lamentan.

Acto II

El jardín en el palacio del príncipe

Los preparativos para la boda entre Rusalka y el príncipe se llevan a cabo. Un guardabosques y su sobrino, el pinche de cocina, señalan que el príncipe se va a casar con una novia muda y anónima, sospechas de brujería y dudan de que el matrimonio dure, puesto que el príncipe ya está prestando atención a una Princesa extranjera invitada a la boda. La Princesa extranjera, celosa, maldice a la pareja. El príncipe rechaza a Rusalka.

Sigue un ballet, tras el cual el padre de Rusalka entra en escena. Encuentra a su hija desesperada y le pregunta si es esa la felicidad que buscaba entre los humanos. Rusalka, que sí puede hablar con su padre, le pide ayuda. El duende del agua se lleva a Rusalka de vuelta a la laguna. Para concluir el acto, el príncipe y la princesa extranjera entran de nuevo en escena. El príncipe le declara su amor a la princesa, ésta le dice al príncipe que ya no lo quiere y que siga a Rusalka al infierno.

Acto III

Un prado al borde de un lago

Rusalka está desesperada, puesto que no es ninfa ni humana, su única tarea será conducir a los hombres a la muerte. Pide a la bruja Jezibaba que la ayude y ésta sugiere que mate, con la daga que le entrega, al hombre que la llevó a la perdición, pero Rusalka se niega, lanzando la daga al lago. Rusalka se convierte en una bludička, un espíritu de muerte que vive en las profundidades del lago, emergiendo sólo para atraer a los humanos a la muerte.

El guardabosques y el pinche de cocina bajan al fondo del lago para pedir a la bruja que los ayude, puesto que el príncipe está desolado desde que Rusalka lo abandonó

El espíritu del agua aparece en escena y los criados huyen aterrorizados y culpa al príncipe de la traición sufrida por su hija Rusalka. Las duendecillas del bosque lamentan la petición de Rusalka. El príncipe, siguiendo a su cierva blanca, llega al lago, y siente a Rusalka y la llama. Le pide que lo bese, incluso sabiendo que este beso significa la muerte y la perdición. Se besan y el príncipe muere dichoso. Y el espíritu del agua comenta que "Todos los sacrificios son fútiles". Rusalka agradece al príncipe que le permitiera experimentar el amor humano, encomienda su alma a Dios y regresa a su lugar en las profundidades del lago como un demonio de la muerte.