Acto I

La casa del Magistrado
Aunque estamos en el mes de julio, el Magistrado está enseñando una canción de Navidad a su seis hijos pequeños, en el jardín de su casa. Los niños lo hacen bastante mal, hasta que se les advierte de que Charlotte, su amada hermana mayor, los está escuchando desde dentro de la vivienda. Schmidt y Johann, amigos del Magistrado, llegan y saludan a Sophie, segunda hija del Magistrado, que sale ahora al jardín. Los tres hombres hablan de Werther, un joven al servicio del Príncipe, y de Albert, novio de Charlotte. Los dos compañeros se marchan entonando su estribillo favorito: "Vivat Bacchus!" ("¡Viva Baco!"), con lo que anticipan su diversión en la taberna a la que se dirigen.
Todos se han marchado dentro cuando llega Werther, que ha sido guiado hasta allí por un campesino, para hacer su primera visita a la familia. E inmediatamente se siente profundamente atraído por la paz y belleza que se respiran en el jardín y en la casa. "Je ne sois si je veille ou si je rêve encore" ("No sé si estoy despierto o soñando"). A través de la puerta entreabierta, Werther ve a los niños en el interior, ensayando aún la canción, y esto le atrae aún más. Los niños rodean a su adorada Charlotte cuando entra y ella rápidamente les sirve la merienda antes de presentar a Werther a su padre. El Magistrado bromea con los dos jóvenes enamorados, absortos en sí mismos, Brühlmann y Käthchen, que también están allí de visita. Charlotte envía a los niños a que den la bienvenida a Werther, así como a su «primo». Werther, arrobado, vuelve a extasiarse ante aquel "espectáculo ideal de amor y de inocencia". Él y Charlotte entran en la casa y el Magistrado ("Vivat Bacchus!") se marcha a la taberna.
Cuando cae la noche, Alberto, que estaba fuera, regresa inesperadamente y es recibido con enorme alegría por Sophie, su novia. Pero él no quiere entrar en la casa y decide unirse con la familia al día siguiente por la mañana. Salen ahora de la vivienda Werther y Charlotte; las palabras de Werther revelan una naciente pasión por la muchacha. La referencia de ella a su madre fallecida, y a la que reemplaza en el cuidado de sus hermanos, aumenta los sentimientos de Werther de "reve, extase, bonheur" ("ensueño, éxtasis, felicidad"). Charlotte se siente de repente atraída por el joven: "Nous sommes fous" ("¡Estamos locos!"). En este momento, el Magistrado, que ha vuelto y ha sido puesto al corriente de todo por Sophie, dice a Charlotte que Albert ha regresado. Solos en escena, Werther clama su desesperación: "Un autre... son époux!" ("Otro, su esposo...").

ACTO II

Los Tilos, plaza frente a una iglesia
Un domingo por la mañana en la taberna, mientras se escuchan los sones del órgano en la iglesia vecina, Schmidt y Johann beben y alaban al Señor "en exaltant ses dones" ("exaltando sus dones y dádivas"), en referencia clara al vino. Charlotte y Albert, casados desde hace tres meses, se dirigen a la iglesia. Llega ahora Werther, ensimismado: ("Un autre est son époux") ("Casada con otro"). Y da rienda suelta a su pensamiento, imaginando lo que podría haber sido. Schmidt y Johann tratan, por su parte de consolar a Brühlmann, a quien ha abandonado su prometida. Sale Albert del templo, y lleno de sincero afecto, habla con Werther, dándole a entender que sabe lo que le ocurre y lo comprende, pero que él también debe aceptar los hechos. Werther, en el mismo tono amistoso, promete a Albert que su sueño ya ha pasado y está olvidado.
El tenso clima se rompe con la entrada de la sencilla Sophie, que llega con un ramo de flores. Van a celebrarse las bodas de oro del pastor con una fiesta, y Sophie compromete a Werther, con una graciosa seriedad, al "primer minueto"; su estribillo es "Tout le monde est joyeux" ("Todo el mundo está alegre"), lo que a los oídos de Werther suena como una tremenda ironía.
Otra vez solo Werther se confiesa a sí mismo que ha mentido a Albert; su pasión por Charlotte sigue viva, y si quiere librarse de sus consecuencias, debe marcharse lejos de allí. Cuando llegue Charlotte, piensa también que es mejor que Werther marche, pero que vuelva, como amigo, para Navidad, solo en escena, Werther piensa en el suicidio (si sería bien recibido en otro hogar); su pensamiento es interrumpí do por la aparición de Sophie. Werther se marcha bruscamente y Sophie se queda llorando. Mientras el cortejo para la celebración de la fiesta se acerca, Albert tiene sombríos presentimientos sobre Werther

ACTO III

Interior de la casa de Albert
Es la víspera de Navidad. En su casa, Charlotte piensa en el ausente Werther; toma una de sus cartas y empieza a leer en alta voz: "Je vous écris de ma petite chambra" ("Os escribo desde mi pequeña habitación"). Cuando está pensando llena de temor, en la temida posibilidad del suicidio de Werther, aparece Sophie, de improviso. Aunque la casa de sus padres no está muy lejos de la suya, Charlotte lleva mucho tiempo sin visitar a su familia, y allí la echan mucho de menos. Sophie desearía que su hermana estuviese ahora tan alegre como solía estar: "¡Ah, le rire est béni!" ("Ah, bendita sea la risa").
Cuando se ha marchado Sophie, Charlotte desfallece, y pide ayuda al Cielo. Silenciosamente, aparece Werther en la puerta de la estancia. Lanza una mirada al familiar ambiente con el clavecín que les acompañaba cuando cantaban juntos. Y recuerda un poema de Ossian en la traducción que él mismo había compuesto: "Pourquoi me rêveiller, o souffle du printemps" ("¿Por qué me despiertas, oh soplo de la primavera?") Ella une su voz a la de él; Werther declara de nuevo su amor por ella, pero, a punto de ceder, ella reacciona y abandona la estancia. Werther, por su parte, se marcha también y abandona la casa.
Entra Albert. La habitación vacía y la puerta de la calle abierta le hacen concebir sospechas, incluso cuando Charlotte regresa. Entra un criado con una nota de Werther, pidiendo a Albert que le preste sus pistolas para que le acompañen en un largo viaje ("un lointain voyage"). Albert obliga a Charlotte a que entregue las pistolas al criado, en un frío gesto lleno de sentido. Cuando Albert se marcha, Charlotte piensa cómo podrá ver a Werther antes de que consiga su fatal propósito.

ACTO IV

En el salón de la casa de Werther, la noche de Navidad
Al entrar Charlotte, se ofrece ante su vista el cuerpo tendido de Werther, herido de muerte. A la angustiada voz de ella, Werther responde débilmente, pidiéndole perdón. Nuevamente el moribundo declara a Charlotte su amor y ella, finalmente confiesa que también lo ama. A través de las ventanas se ven las luces de la morada del Magistrado y desde allí llegan las voces de los niños cantando villancicos. Werther toma estos cánticos como un símbolo de su salvación y espera que su tumba sea bendecida por las lágrimas de una mujer. El muere y Charlotte se desvanece. Por las ventanas sigue llegando el cántico ("Nöel! Nöel!") y las risas felices de los reunidos.